Работы по внедрению системы энергоменеджмента по стандарту ИСО 50001 начинается с формирования организационной структуры: назначается представитель руководителя, который будет нести ответственность за энергоэффективность на предприятии, подбирается команда специалистов. Все запланированные  на данном этапе мероприятия утверждаются приказом по предприятию.

Следующим этапом будет анализ существующей системы, учитывающий ее  достоинства и слабые стороны, которые необходимо будет укреплять в дальнейшем.  Все результаты энергоанализа должны быть задокументированы. Затем необходимо провести обучение руководства предприятия и ответственных за подразделения лиц требованиям ИСО 50001, после чего обучение должны пройти члены сформированной ранее команды.

В разработке  эффективной системы  энергоменеджмента по стандарту ИСО 50001 важным этапом будет адаптация уже существующих документов и определение перечня тех дополнительных документов, которые  понадобятся в рамках функционирования новой системы менеджмента. После этого  можно будет браться за составление плана-графика разработки задокументированных процедур, за подготовку заданий и за назначение ответственных за их разработку лиц.

В это время весь персонал предприятия должен ознакомиться с требованиями стандарта ИСО 50001 и с основной документацией системы энергетического менеджмента, затем должно пройти обучение работников. Следующим этапом на пути к созданию эффективной системы станет официальное издание приказа об её запуске. В этот момент все разработанные и задокументированные ранее бизнес-процессы запускаются и начинают осуществляться.  По истечению определенного срока необходимо провести анализ системы энергоменеджмента, выявить несоответствия в функционировании системы, доработать её, внести соответствующие изменения в структуру.

После того как система менеджмента отработает положенное время (в среднем этот процесс занимает около одного-двух месяцев), нужно провести мониторинг эффекта от её внедрения, поскольку следующим этапом станет предсертификационный аудит.  Он выявит несоответствия, если они имеются, которые можно будет в дальнейшем исправить.  После  исправления несоответствий процесс предсертификации можно считать оконченным, что документально подтвердит отчёт по аудиту.